SFB1551 Projekt: R07

Titel des Projekts: Hierarchische Wechselwirkungen in phasengetrennten Kondensaten

Zusammenfassung: In C. elegans treten Kondensate in Form von Keimkörnchen auf, die an mehrere Kofaktoren binden und die Genexpression während der Entwicklung der Keimkörnchen modulieren.
Die Erforschung der Dynamik von Kondensaten, insbesondere von PEI-Granula, erfordert ein Zusammenspiel von biomolekularer Selbstorganisation und Phasentrennung. In Zusammenarbeit mit dem Ketting-Labor (IMB) konzentrieren wir uns auf In-vivo- und In-vitro-Analysen der PEI-1- und PEI-2-Proteindomänen sowie auf computergestützte Modellierung und Simulationen, um die wichtigen Faktoren bei der Bildung von PEI-Granula zu ermitteln. Hochspezifische atomistische Wechselwirkungen und die Dynamik von phasengetrennten Kondensaten auf relevanten Zeitskalen erfordern die volle Bandbreite von der atomistischen Auflösung bis hin zu grobkörnigen Modellierungsskalen. Die Molekulardynamiksimulationen, die durch eine auf maschinellem Lernen basierende Analyse unterstützt werden, werden uns helfen, ihre wiederkehrenden und hierarchischen Interaktionsmuster zu verstehen.